Pracownia Konserwacji powstała w 1991 roku. Sprawuje pieczę nad sposobami zabezpieczania i warunkami przechowywania dokumentów w pomieszczeniach magazynowych Biblioteki, Archiwum, Muzeum oraz Pracowni Mikrofilmowej. Prowadzi prace konserwatorskie zabytkowych obiektów na podłożu papierowym ze wszystkich działów ŻIH.

Pracownia współpracuje z Muzeum Holokaustu w Waszyngtonie (United States Holocaust Memorial Museum), któremu zawdzięcza swoje nowoczesne wyposażenie, odpowiadające światowym standardom w tej dziedzinie, a także z wieloma placówkami konserwatorskimi w kraju. W roku 2000 przeprowadzono ciekawą i nietypową konserwację dokumentów wydobytych w trakcie prac archeologicznych, które prowadzono na terenie getta warszawskiego.

Najważniejsze długofalowe projekty realizowane obecnie w Pracowni obejmują konserwację dokumentów Archiwum Ringelbluma, oraz zespołu „Żydowska Samopomoc Społeczna”. Prace konserwatorskie dokumentów z Archiwum Ringelbluma, wpisanego na listę „Pamięć Świata” (Memory of the World) UNESCO, zostały zakończone w 2006 r. W roku 2007 rozpoczęto konserwację zespołu archiwalnego "Pamiętniki" , równolegle z konserwacją zespołu Żydowska Samopomoc Społeczna".

Pracownia Mikrofilmowa działa nad od 1993 r. Sprzęt dostarczony przez USHMM pozwala na mikrofilmowanie całych zespołów archiwalnych. Mikrofilmy wykonywany w pracowni ŻIH odpowiadają normom obowiązującym w Polsce i na całym świecie podczas mikrofilmowania szczególnie cennych kolekcji.