Die Forschungsarbeit im JHI reicht bis zum Jahre 1944 zurück, als die Zentrale Jüdische Historische Kommission, aus der das JHI entstand, ihre Arbeit aufnahm und systematisch begann Zeitzeugenberichte der Überlebenden des Holocausts aufzuzeichnen. Vor 1986 war das JHI die einzige Anlaufstelle in Polen für Nachforschungen über die Geschichte der polnischen Juden.

Zur Zeit beschäftigt das JHI Spezialisten, deren Fachbereiche alle Perioden der Jüdischen Geschichte abdecken, inklusive der Polnisch-Jüdischen Beziehungen. Die Hauptaufgabe im wissenschaftlichen Bereich liegt im Erfassen, dem Studium und der Bearbeitung einzigartiger Sammlungen, die das Leben und die Zerstörung des jüdischen Lebens unter deutscher Okkupation in Polen dokumentieren. Das JHI befasst sich ebenfalls mit dem jüdischen Leben in Polen nach dem Krieg.

Jeden Dienstag treffen sich die Mitarbeiter der Forschungsabteilung und befassen sich sowohl mit kürzlich veröffentlichen Publikationen und Studien, als auch mit verschiedenen Forschungsprojekten. Die Teilnahme von Wissenschaftlern und Lehrern aus anderen Institutionen ist möglich.

Bildung ist die Voraussetzung für die Herausbildung einer toleranten und aufgeschlossenen Gesellschaft. Dies unterstützend initiierte das JHI gleich zu Beginn der politischen Umwandlungsprozesse 1989 Informationskampagnen zum Zwecke der Bildung. So begann das Institut mit wöchentlichen Schulungen für Hochschullehrer; im Laufe der Zeit wurde das Angebot immer facettenreicher. Wir sind gerne bereit Unterrichtsmaterial für mit dem Judentum verbundene Themen zur Verfügung zu stellen. Ferner werden öffentliche Lesungen bei uns abgehalten oder Diskussionsabende veranstaltet, um in der Bevölkerung mehr Interesse an Themen, die mit dem Judentum verbunden sind, anzuregen.